میکروسکوپ های نوری از نور مرئی برای مشاهده نمونه ها استفاده می کنند. به دلیل اندازه بسیار کوچک ویروس ها، معمولاً برای مشاهده آنها به میکروسکوپی با بزرگنمایی بالاتر نیاز است. با این حال، از آنجایی که اندازه ویروس ها نزدیک یا حتی کوچکتر از طول موج نور مرئی است، این امر وضوح مشاهده مستقیم ویروس ها را از طریق میکروسکوپ نوری محدود می کند. بنابراین، برای مشاهده جزئیات بیشتر ویروس ها، اغلب به یک میکروسکوپ الکترونی نیاز است.
میکروسکوپ های الکترونی از پرتوهای الکترونی به جای پرتوهای نوری استفاده می کنند و می توانند وضوح بالاتری نسبت به میکروسکوپ های نوری داشته باشند. میکروسکوپ الکترونی می تواند سطوح بالاتری از بزرگنمایی و تفکیک جزئیات ویروسی را فراهم کند و به دانشمندان این امکان را می دهد که ساختار و خواص ویروس ها را با جزئیات بیشتری مطالعه کنند.
میزان بزرگنمایی مورد نیاز برای مشاهده ویروس به اندازه ویروس و سطح جزئیات مورد نیاز بستگی دارد. از آنجایی که اندازه ویروس ها اغلب در محدوده نانومقیاس هستند، اغلب برای مشاهده آنها به میکروسکوپ های با بزرگنمایی بالاتر نیاز است.
میکروسکوپ های نوری معمولاً بزرگنمایی 1000x تا 2000x را ارائه می دهند. این بزرگنمایی برای مشاهده برخی ویروس های بزرگتر مانند ویروس های DNA بزرگ کافی است.
با این حال، برای ویروس‌های کوچکتر یا در مواردی که جزئیات با وضوح بالاتر مورد نیاز است، از میکروسکوپ الکترونی استفاده می‌شود. میکروسکوپ های الکترونی می توانند بزرگنمایی بالاتری ارائه دهند که اغلب به 100،{1}} برابر یا بیشتر می رسد. این بزرگنمایی بالا می تواند نمای دقیق تری از ساختار و ویژگی های ویروس ارائه دهد.
توجه به این نکته ضروری است که بزرگنمایی تنها عاملی نیست که بر مشاهده ویروس ها تأثیر می گذارد. وضوح نیز یک عامل مهم است، تعیین اندازه کوچکترین جزئیاتی که میکروسکوپ می تواند حل کند. برای ویروس‌های کوچکتر، یک میکروسکوپ با وضوح بالاتر برای ثبت جزئیات دقیق‌تر مورد نیاز است.